一个CONFIG.SYS文件可以定义几种不同的系统配置。 在定义多种配置时，可使用下列特殊的CONFIG.SYS命令：
定义多种配置的一般步骤如下：
1 在CONFIG.SYS文件中，以[menu]开头，后跟一个或多个<MENUITEM>命令来定义启动菜单。<MENUDEFAULT>，<MENUCOLOR> 和<SUBMENU>命令可用来定义启动菜单的特殊属性。
2 在CONFIG.SYS文件中，为每个配置创建配置块。 每个配置块用一个块头 ─ 由方括号括起来的名字开始。 每个块中加入所需执行的<CONFIG.SYS命令>，系统根据菜单选择执行不同的配置。
3 （可选）在AUTOEXEC.BAT文件中，使用<批处理命令>，如 <GOTO> 和<IF>，以便MS-DOS根据启动配置，来执行不同的AUTOEXEC.BAT命令。
当从启动菜单中选定某个配置时，MS-DOS将定义环境变量CONFIG，并设置其值为选定的配置块名。 为让MS-DOS根据不同的CONFIG值，执行不同的命令集，可在文件AUTOEXEC.BAT中加入一条GOTO %CONFIG%命令。
有关定义多配置的详细信息，参见《MS-DOS 6.22用户手册》中“系统配置”一章。
在CONFIG.SYS文件中定义多种配置
下面的CONFIG.SYS文件中定义了两个配置：
| [Menu] menuitem=Steve menuitem=Lisa [Common] dos=high buffers=15 device=c:\dos\himem.sys [Steve] files=20 device=c:dos\emm386 2048 [Lisa] files=40 device=c:\net\network.sys [Common] |
此CONFIG.SYS为Steve和Lisa定义了不同的配置。 对于这两个配置，MS-DOS均执行了[comon]段中的三个命令: DOS=HIGH,BUFFERS=15和DEVICE=C:\DOS\HIMEM.SYS。Steve使用桌面排版系统，需要扩充内存，因此该配置包含一条EMM386命令，而它并不使用网络。 Lisa使用网络，但并不使用桌面排版系统，因此它启动了网络驱动程序。
在AUTOEXEC.BAT文件中定义多配置
当从启动菜单中选定了一种配置后，MS-DOS定义了一个名为CONFIG的环境变量，并将其值设置为选定配置块的名称。 在AUTOEXEC.BAT文件，可用<GOTO>命令针对不同的CONFIG变量执行不同的命令集。
下面的AUTOEXEC.BAT文件针对CONFIG变量使用GOTO命令执行不同的命令集。 这个AUTOEXEC.BAT文件应配合前面的CONFIG.SYS文件。
| c:\dos\smartdrv.exe set temp=c:\temp c:\dos\msav ; Go to the section that matches the current ; value of the CONFIG variable goto %config% :Steve path=c:\dos;c:\deskpub;c:\typeset c:\mouse\mouse.com deskpub ; now skip Lisa's section & go to end goto end :Lisa path=c:\dos;c:\network;c:\utility doskey net logon lisa goto end :end |
当MS-DOS运行该AUTOEXEC.BAT文件时，它将启动SMARTDrive，设置TEMP环境变量，并启动MS-DOS防病毒程序。 MS-DOS然后转向与环境变量CONFIG相匹配的段。
如果选定的配置名为Steve，MS-DOS转向Steve段。它将为Steve设置搜索路径，装入C:\MOUSE目录的MOUSE.COM程序，然后运行桌面排版系统。 GOTO END指示MS-DOS跳转到END段，从而保证了Lisa段中的命令不被执行。
如果当前配置为Lisa，则将设置不同的搜索路径，MS-DOS运行Doskey程序，执行Logon命令指示网络驱动程序（已由CONFIG.SYS文件装入），将计算机连接到网络。